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药用木瓜鲜果中含有较多的单宁和有机酸，糖含量相对较低，使其口感酸涩，不宜生食。但其果实营养丰富，富含维生素。木瓜中酸类成分包括苹果酸、枸橼酸、酒石酸等，这些有机酸都具有纯正的酸味，经过适当稀释并辅以一定的甜味剂如蔗糖或蜂蜜后，可制成风味独特的产品。
果实药食兼用，以药用为主。《本草纲目》载：“木瓜处处有之，而宣城者z佳”，故有宣木瓜之称。药用价值较高，果实味涩，水煮或浸渍糖液中供食用，入药有解酒、去痰、顺气、止痢之效。具有平肝和胃、祛风去湿、活血通络、滋脾益肺等功效，主治风湿、关节疼痛、腰膝酸痛、肢体麻木及吐泻腹痛、四肢抽搐等症。
